Jēkabpils Valsts ģimnāzijas karogu 1939.gadā skolai, kuras sastāvā toreiz bija arī Jēkabpils Valsts komercskola, dāvāja Latgales artilērijas pulks. Svinīgajā pasākumā to saņēma skolas direktors Žanis Līnis.
Karoga mets (kuru izgatavoja ievērojams novada mākslinieks, arī skolotājs Andrejs Pormalis) tika apstiprināts Izglītības Ministrijas skolu departamentā 1939.gada martā.
Devīze: „Mūsu Darbs un Mūsu Zināšanas Tēvzemei”.
Uz karoga ir attēlota toreizējā baltā skolas ēka, kur skola tika dibināta 1919.gadā (pašreiz Jēkabpils agrobiznesa koledžas ēka).
1990.gadā šis karogs tika atjaunots un tiek glabāts skolas muzejā. Lietots tiek svinīgos pasākumos, izlaidumos, 1.septembrī, Valsts svētkos. Žetonu vakarā pie karoga tradicionāli abiturienti piesprauž skolas žetonu. Skolas muzejā ir apskatāms A.Pormaļa mets, bet pirmais skolas karogs nav saglabājies.